À la pointe de la muséographie contemporaine, jalonné de dispositifs numériques, le musée d’histoire se déploie dans 32 salles et met en scène plus de 1 150 objets de collection. La visite dresse un portrait de la ville depuis ses origines jusqu’à la métropole d’aujourd’hui.  

Les sections sur la Traite des Noirs et l’esclavage et sur les deux guerres mondiales constituent des références au niveau international. La visite dévoile également des éléments d’architecture remarquables et revient sur les événements marquants de l’histoire du château et de la ville : édit de Nantes, industrialisation (LU, BN), construction navale…

Le musée propose aussi un nouveau mode d’approche de l’histoire : l’histoire « globale ». À travers l’histoire globale, connectée, le public est invité à regarder le passé comme nous regardons le présent. Montrer l’histoire à l’échelle de plusieurs continents permet de ne pas s’appuyer sur des idées toutes faites, de ne pas partir d’un point de vue uniquement européen, occidental, de vainqueur ; mais bien de prendre du recul.

Pour cela, la création contemporaine est présente également, et notamment via le multimédia de Pierrick Sorin, qui occupe l’ensemble du volume de la 32^e salle et propose sa vision de la ville.